Les chaires incarnent les collaborations entre le monde de l’enseignement et de la recherche et le monde professionnel, l'ENSAIA anime ou co-anime 3 chaires :
- Chaire AgroMétha dans le domaine de la méthanisation
- Chaire Bio4Solutions dans le domaine du Biocontrole
- Chaire Nouvelles ruralités - Architecture et milieux vivants dans le domaine du développement territorial