La recherche à l'ENSAIA couvre l'ensemble de la filière agro-alimentaire. Elle comprend des activités relevant des Sciences de la Vie et des Sciences de l'Ingénieur appliquées :
- aux productions végétales et animales, de la cellule à l'organisme (populations, agro-systèmes)
- à l'aliment, de l'ingrédient à l'aliment conditionné
- aux biotechnologies, des gênes aux produits
- à l'environnement, des polluants aux traitements
Les laboratoires, labellisés et affiliés à l'Université de Lorraine, à l'INRAE ou au CNRS allient recherche fondamentale et mise au point de concepts technologiques innovants avec une volonté permanente de transfert et de valorisation. Les expertises sont reconnues à l'échelle territoriale, nationale, européenne et internationale.
Ecole de l'Innovation et de la Transition, l'ENSAIA abritent 10 start-up directement issues de ses laboratoires de recherche. Ces jeunes entreprises incarnent le lien étroit et fortement encouragé par l'école entre la recherche académique et le développement socio-économique.
La recherche est entièrement adossée aux formations de l'école : cursus Ingénieurs, Masters, Doctorats et DU.