L’offre de Masters associant l'ENSAIA à différents partenaires de l'Université de Lorraine vise à donner une formation par la recherche aux élèves-ingénieurs de l'école et à des étudiants de niveau L3 dans 3 grands domaines scientifiques :
- Nutrition et Sciences des Aliments (NSA)
- Bioprocédés
- Agronomie, Environnement, Territoires, Paysage, Forêt (AETPF)
En partenariat avec les Instituts d'Administration des Entreprises (IAE) de Nancy et Metz, 2 masters sont également ouverts aux élèves-ingénieurs de l'école :
- Administration des Entreprises
- Management de la Chaîne Logistique
Le Doctorat se déroule dans le cadre de l'Ecole Docotorale SIReNa, Sciences et Ingénierie des Ressources Naturelles.